Cea mai veche menţiune documentară ce ne este cunoscută despre acest aşezământ monahicesc datează din 1571, după 19 ani de la ocuparea Banatului de către turci, când ieromonahul Laurenţiu, aflat în drum spre Braşov şi Alba Iulia, zăboveşte timp mai îndelungat aici şi face danie o tipăritură din 1562.
Harta austriacă a Banatului din 1723 înfăţişează mănăstirea ca izolată, înconjurată de păduri întinse şi de mlaştini. Trecuse deci prin cei 164 ani de stăpânire otomană şi peste luptele ce sau succedat în acest răstimp, când sau nimicit o mare parte din documentele şi cărţile pe care lea avut, ca apoi din ce a mai rămas, să se înstrăineze, după desfiinţare. În iarna grea a anului 1777, cum spun scrisorile vremii, călugării pleacă îndureraţi că lasă fără veghe mormântul ce adăpostea moaştele Sfântului Iosif.
Loc sfinţit prin faptele şi moaştele Sfântului Iosif cel Nou de la Partoş, spre care se îndreaptă pelerinul din Timişoara, în 1749, cerând ocrotirea în lunga călătorie până la Ierusalim şi unde Marcu Muţiu zideşte în 1750 frumoasa biserică, mănăstirea îşi va continua misiunea de apărătoare a Ortodoxiei. După patru ani de la desfiinţare, în 1782, protopopul Ioan Şuboni, ca prinos de recunoştinţă, lasă unui bun meşter să zugrăvească, se pare, după o icoană dispărută, chipul Sfântului Iosif ce se păstrează şi astăzi. În zilele noastre, mănăstirea îşi prăznuieşte hramul în ziua Înălţării Cinstitei Cruci, când credincioşii vin ca odinioară săşi întărească sufletele, deşi vechiul hram este la Sfinţii Arhangheli Mihail şi Gavriil.
În anul 1944, sub îngrijirea Centrului eparhial, mănăstirea a fost reactivată, aşezânduse aici călugăriţe. În anii comunismului viaţa monahală de aici a fost întreruptă, locul fiind luat de parohia Partoş. Între anii 1955– 1956 se efectuează săpături în interiorul bisericii vechi. În anul 1956 moaştele Sfântului Iosif cel Nou sunt scoase din mormânt şi duse la catedrala mitropolitană în vederea canonizării oficiale, unde se află şi astăzi.
La 6 martie 2008, Sinodul Mitropolitan al Mitropoliei Banatului, întrunit sub preşedinţia Înaltpreasfinţitului Mitropolit Nicolae al Banatului, a hotărât, pe baza propunerii Consiliului Eparhial, reînfiinţarea mănăstirii Partoş, cu destinaţie pentru călugări. După ce mănăstirea a fost reînfiinţată, sau executat importante lucrări de renovare şi întreţinere a interiorului celor două biserici şi a întregii incinte.
La 8 noiembrie 2012 s-a dat în folosinţă „Casa Regina Elisabeta”, aflată în vecinătatea aşezământului, care cuprinde o colecţie muzeală şi o bibliotecă bogată.